Ông sinh năm 1913 tại Hà Tĩnh, học Đại học Y khoa Hà Nội rồi sang Pháp tiếp tục học, tốt nghiệp bác sĩ Nhi khoa năm 1941. Năm 1942, ông bị lao phổi nặng, điều trị ở Bệnh viện Saint Hilaire du Touvet, Grenoble.
Thời đó, bệnh lao chưa có thuốc chữa. Từ năm 1943 đến 1948, ông phải chịu mổ bảy lần, cắt bỏ tám xương sườn, cắt bỏ toàn bộ lá phổi bên phải và một phần ba lá phổi bên trái. Các bác sĩ Pháp bảo ông chỉ có thể sống được hai năm nữa.
Trong thời gian nằm chờ chết, ông đã tìm ra phương pháp thở để tự chữa bệnh cho mình. Và kết quả là ông đã sống đến tuổi 85 mới mất (1997), nghĩa là sống thêm được 50 năm nữa.
Ông là bác sĩ, đồng thời là một nhà văn, nhà báo, nhà hoạt động xã hội rất nhiệt tâm. Ông là cố vấn của bộ môn tâm lý - xã hội học, tại Trung tâm Đào tạo và bồi dưỡng cán bộ y tế TP HCM, (nay là Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch).
Trong lúc nhiều người giảng bài, nói chuyện, hội họp, làm việc... thấy uể oải, hụt hơi, thì một người chỉ còn hai phần ba lá phổi, chỉ còn gần một nửa "dung tích sống" như ông lại vẫn ung dung, thư thái.
Những buổi hội họp dông dài, vô bổ, ông chỉ ngồi... thở, nhờ vậy mà ông không bị stress, không bị mệt. Ông bảo sau này khi ông mất đi, điều quan trọng ông để lại không phải là những tác phẩm văn học, triết học này nọ, mà chính là bài vè dạy thở chỉ với 12 câu.
Bác sĩ Đỗ Hồng Ngọc, bạn đồng nghiệp với bác sĩ Viện, kể lại: "Trước kia, tôi cũng chỉ nghe để mà nghe chớ chẳng thực hành. Rồi một lần tôi bị tai biến nặng, phải nằm viện dài ngày, lúc đó tôi mới thử đem ra áp dụng. Quả có điều kỳ diệu!"
Phương pháp này giúp ông thảnh thơi hơn, ít nhọc mệt hơn và sức khỏe tốt hơn. Trong thời gian dưỡng bệnh, các bạn đồng nghiệp cho rất nhiều thuốc, nhưng ông chỉ chọn một vài món thực sự cần thiết, còn thì chỉ dùng phương pháp thở để tự chữa bệnh cho mình.
Phương pháp thở của bác sĩ Nguyễn Khắc Viện thực ra không phải là điều hoàn toàn mới. Nó chỉ là một sự tổng hợp của khí công, thiền, yoga, dưỡng sinh... của Đông phương từ ngàn xưa, được nhìn bằng sinh lý học hô hấp hiện đại của một người thầy thuốc.
Dưới đây là bài vè 12 câu dạy thở của bác sĩ Nguyễn Khắc Viện:
Thót bụng thở ra
Phình bụng thở vào
Hai vai bất động
Chân tay thả lỏng
Êm chậm sâu đều
Tập trung theo dõi
Luồng ra luồng vào
Bình thường qua mũi
Khi gấp qua mồm
Đứng ngồi hay nằm
Ở đâu cũng được
Lúc nào cũng được!
(Theo Phụ nữ)